autoremove предлагает удалить python3-module-pygobject3, после удаления отсутствует самая главная кнопка на панели (для случая theme-mate-windows):

org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]: Traceback (most recent call last):
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:   File "/usr/lib/mate-menu/mate-menu.py", line 775, in applet_factory
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:     MenuWin( applet, iid )
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:   File "/usr/lib/mate-menu/mate-menu.py", line 445, in __init__
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:     self.createPanelButton()
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:   File "/usr/lib/mate-menu/mate-menu.py", line 532, in createPanelButton
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:     self.do_load_icon(self.icon)
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:   File "/usr/lib/mate-menu/mate-menu.py", line 524, in do_load_icon
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]:     surface = icon_theme.load_surface(icon_name, icon_size, scale_factor, None, Gtk.IconLookupFlags.FORCE_SIZE)
org.mate.panel.applet.MateMenuAppletFactory[7309]: TypeError: Couldn't find foreign struct converter for 'cairo.Surface'
mate-menu[7309]: need to free the control here

а вот в sisyphus зависимость есть:
https://packages.altlinux.org/ru/sisyphus/binary/mate-menu/noarch/depends
Пакет mate-menu: Зависимости
...
Требуется
...
python3-module-pygobject3

В p11 тоже нет зависимости.