$ hsh TMP1/hasher1 --mountpoints=/proc --number=1 --initroot-only
/usr/bin/hsh: строка 334: shift: счётчик смещений за пределами диапазона

потому что в строке 334 безусловый shift, но в строке 442 handle_package вызывается без аргумента:

[...]
elif [ -n "$initroot_only" ]; then
        handle_package
else
        for f; do
                handle_package "$f"
        done
fi