Есть несколько мест в графической системе, через которые можно задать прокси сервер. 1. Меню, "Центр управления системой", "Сеть настройки proxy" 2. Меню, "Параметры", "Сетевая прокси-служба", он же "Центр управления","Сетевая прокси-служба" Обе системы не знают о настройках, сделанных в другой. Могу ошибаться, но судя по опыту использования, приоритет имеет настройка, сделанная в "Центре управления системой". Том, что со значком Basealt. Если одновременно задать разные значения в этих друх настройках, то команда $ env | grep proxy покажет установки из "Центра управления системой". Того, что со значком Basealt. Но стоит удалить настройки proxy в "Центре управления системой", сделать поле пустым, то та же команда начинает показывать значения из "Центра управления","Сетевая прокси-служба". И существенно добавить в диалоги настройки прокси, что они начинают действовать после нового входа в систему.
Тут гораздо интереснее другой момент. Издавна сложилось, что в Linux каждое приложение (иногда группа приложений, как пример - приложения kde) имеет собственные настройки. В том числе и настройки прокси. Действительно ли наступили другие времена, и все приложения теперь могут ориентироваться на переменные окружения? А ведь ещё и типы прокси бывают разные. Более логичным кажется делать прозрачный прокси на шлюзе на границе сети, а не настраивать что-то на рабочих станциях.