В свежеустановленном gnome3 есть только национальная раскладка (после мастера настроек).  Добавляем второй раскладкой английскую. В результате при обоих раскладках печатаем кириллицей. Если первой назначить английскую, то проблемы нет. Также после перезапуска сеанса, даже если первой является не английская раскладка, переключение происходит нормально. Последующие манипуляции с изменением раскладок проблем не доставляют. Проблема только при первом запуске.