По факту это копия bug 33277, но так как смена 4.4 > 4.9 случилась у std-def, то это уже critical как минимум: https://forum.altlinux.org/index.php?topic=40179.0 Может быть сделать в %pre хотябы проверку на наличие luks в initrd.mk с выдачей предупреждения ?
В bug 32749 побольше обсуждение, чем в bug 33277.
https://bugzilla.altlinux.org/32749#c18 make-initrd-0.8.14-alt1.M80P.1 -> p8: Fri Oct 13 2017 Anton V. Boyarshinov <boyarsh@altlinux.org> 0.8.14-alt1.M80P.1 - ignore load_modules return (there are some warnings, poisioning return code of modprobe) (Closes: #32749)