Похоже что автозависимости у mkve вычисляются с учётом содержимого каталога /usr/share/mkve/hooks/. Т. к. расположенные там скрипты выполняются только в "внутри bundle" (см. http://www.altlinux.org/CoreSystem/Virtualization/%D0%A1%D0%BE%D0%B7%D0%B4%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_bundle#.D0.A4.D0.B0.D0.B9.D0.BB_hooks-lists.2F.D0.B3.D0.B8.D0.BF.D0.B5.D1.80.D0.B2.D0.B8.D0.B7.D0.BE.D1.80) -- их нежелательно учитывать при автопоиске зависимостей при сборке mkve.