При запуске scilab не отображается оформление окна. В терминале выдаёт вот такое вот: $ scilab Error parsing gtk-icon-sizes string: ''
На KDesktop не воспроизводится. Какой дистрибутив используется?
Simply Linux 6.0.1
Проверил на Simply Linux. Сообщение такое же, но окно показывается с обрамлением. Отключите Compiz и используйте Metacity.
Интересно, то что Compiz отключен и даже больше - он удален.