Создаю пробную конфигурацию: /boot - отдельный диск; / - RAID5. alterator-grub предлагает список состоящий только из md0, установка на который по понятным причинам обламывается. В итоге имеем поддержку лишь определённых типов рейдов для корня, хотя стадия разбивки диска позволяет сделать для корня любой рейд.
(заметки на манжетах: ещё стоит проверять, что в grub.cfg для ФС с /boot получаются пути вида /initrd.img, а не /boot/initrd.img)