Сизифный gparted умеет выравнивание только на цилиндр и при этом считает геометрию равной 255x63 без возможности изменения и независимо от того, какая геометрия задавалась при разбивке. Из-за этого создать в нём правильно выровненные разделы невозможно вообще или по кр.мере в некоторых сценариях. 0.6.2 may or may not исправить эту ситуацию, т.к. из анонса 0.6.0 это не следуюет впрямую, но может следовать косвенно. Впрочем, nobody cares.
Хорошо, что 0.6.0 в сизиф не попал: WARNING: GParted 0.6.0 contains two serious bugs when copying or moving partitions. For more details see: Bug #623630, and Bug #623697. GParted 0.6.1 contains code to avoid these bugs. 2 led: глянешь 0.6.3, как удобно будет? Не хотелось бы терять твои наработки, а разобраться в них в прошлый раз сходу не вышло.
Закрываю баг, т.к. в сизифе уже gparted-0.8.0, а с 4к дисками работает с 0.7.1