Причина проблемы в том, что lilo при установке загрузчика преобразует любую форму записи параметра root, кроме root="UUID=..." и root="LABEL=...", в номер устройства, используемый в загруженной в этот момент системе. В результате при последующей загрузке до скриптов в initramfs доходит лишь что-то типа root=302, и загрузка проходит только в случае, если номера устройств в новой и старой системе совпадают (и устройство определяется без задержек - ожидание появления устройства в этом случае тоже не работает).

В /proc/mounts появился некий /dev/root. alterator-lilo оказался не готов к
такому сюрпризу. Кто виноват - непонятно... В любом случае
можно брать root device из fstab...

Может поможет сгенеренный lilo.conf.

root="/dev/disk/by-uuid/84eca964-2fd1-4bdd-93d3-c52dcc4532a6" что соответствует /dev/hda2. Т.е. запись логически правильная.

Упоминаний о /dev/root в lilo.conf нету.

Как /dev/root (что является образом squashfs) вносит сбой в работу alterator-lilo ?

cat /etc/lilo.conf
map="/boot/map"
lba32
prompt
compact
vga="0x314"
boot="/dev/disk/by-id/ata-QEMU_HARDDISK_QM00001"
timeout="100"
install="menu"
message="/boot/splash/message"
append="panic=30 splash=silent"
default="ALTLinux"

image="/boot/vmlinuz"
        label="ALTLinux"
        initrd="/boot/initrd.img"
        root="/dev/disk/by-uuid/84eca964-2fd1-4bdd-93d3-c52dcc4532a6"
        read-only

image="/boot/vmlinuz"
        label="failsafe"
        initrd="/boot/initrd.img"
        root="/dev/disk/by-uuid/84eca964-2fd1-4bdd-93d3-c52dcc4532a6"
        addappend="failsafe"
        vga="normal"
        read-only

(В ответ на комментарий №3)
> Может поможет сгенеренный lilo.conf.
> 
> root="/dev/disk/by-uuid/84eca964-2fd1-4bdd-93d3-c52dcc4532a6" что соответствует
> /dev/hda2. Т.е. запись логически правильная.

Значит тут дело не в alterator-lilo, а где-то глубже...

> Как /dev/root (что является образом squashfs) вносит сбой в работу
> alterator-lilo ?

Ну вот у меня в системе почему-то в /proc/mounts сплошной несуществующий /dev/root и никаких реальных устройств. Соответственно, alterator-lilo не ставит загрузчик в раздел. И cas@ на этом сейчас налетел...

Поведение текущей версии initramfs в зависимости от вида параметра root=..., полученного ядром при загрузке:

 1) root=UUID=${uuid} - преобразуется в /dev/disk/by-uuid/${uuid}, и в таком виде попадает в /proc/mounts.

 2) root=LABEL=${label} - в текущей версии в этом случае в /proc/mounts будет /dev/root (а не /dev/disk/by-label/${escaped_label} - просто сунуть ${label} в имя нельзя, поскольку варианты вида LABEL=/ тоже должны работать).

 3) root=/dev/${path} (имя файла в любом виде) - в /proc/mounts будет имя устройства в том виде, как оно было записано в параметре root=...; при использовании lilo этот вариант получить не удастся, поскольку любое явно указанное имя файла устройства будет переведено в номер.

 4) root=${hex_number} (результат саботажа со стороны lilo) и прочие форматы записи номера устройства - в /proc/mounts будет /dev/root, ожидание появления устройства не работает.

При формировании lilo.conf следует отлавливать имена устройств, записанные в виде /dev/disk/by-uuid/${uuid}, и заменять их на UUID=${uuid}.

alterator-lilo-1.8-alt1 -> sisyphus:

* Wed Jun 03 2009 Vladislav Zavjalov <slazav@altlinux> 1.8-alt1

- lilo-disk.sh: use /etc/fstab instead of /proc/mounts for
  finding device mountpoints
- lilo-conf.sh: use "UUID=..." instead of "/dev/disk/by-uuid/..."
  for root parameter (closes: #20292)
- avoid more error messages

А в чем проблема с LABEL?

Казалось бы, надо все странные символы преобразовать так же, как это делает  udev, создавая свои симлинки. Или тут никакой принципиальной трудности нет, а просто пока не сделано?